ClustalW輸入文件的格式對于ClustalW1.8版,要求輸入的文件格式為七種格式之一,分別是:FASTA,NBRF,EMBL/SWISS,GDEprotein,GDEnucleotide,CLUSTAL或GCG/MSF。ClustalW對輸入的多個序列必須要求在一個文件里,對于大量的數(shù)據(jù)可以在UNIX操作系統(tǒng)下用catfilel.s...[繼續(xù)閱讀]

    先打開ClustalW.exe文件,進入下面的命令行格式(如圖4.1)。選項1是要輸入一個多序列的文件,選項2是對內(nèi)存中已有的多序列文件聯(lián)配,選項3是對已有的一個多序列聯(lián)配的結(jié)果和另外一個多序列聯(lián)配結(jié)果或者序列文件進行聯(lián)配,選項4是對多...[繼續(xù)閱讀]

    1.DavidWM.Bioinformatics—sequenceandGenomeAnalysis.NewYork:ColdSpringHarborLaboratoryPress,20012.http://www.no.embnet.org/Programs/EAL/clustalw/index.php33.http://newfish.mbl.edu/Course/Software/FileFormats/4.http://www.es.embnet.org/cgi-bin/clustal.cgi5....[繼續(xù)閱讀]

    1.Phred簡介phred采用快速傅利葉變換(fastFouriertransform)分析技術(shù),從DNA測序所得到的圖形數(shù)據(jù)中提取DNA堿基排列順序信息(即Base-Calling)。Phred對序列中的每個數(shù)據(jù)產(chǎn)生一個被廣泛接受的帶有質(zhì)量控制標(biāo)準(zhǔn)(qualityscores)的“BaseCall”。Phred質(zhì)量...[繼續(xù)閱讀]

    1.Phd2fasta簡介·phd2fasta從phd文件中讀取序列及質(zhì)量值·phd2fasta命令及操作:phd2fasta-id<dir_name>-os<output-seq>-oq<output_seq_qual>參數(shù)設(shè)置-id<dir_name>:讀取并處理由<dir_name>指定的目錄中的所有文件-os<output_seq>:為輸出序列...[繼續(xù)閱讀]

    1.Cross_match簡介這是一個載體標(biāo)記軟件,利用Swat算法(Smith-Watermanalgorithm)實現(xiàn)序列的比較,通過序列文件與載體序列庫比對尋找載體序列(如pUC18),將其屏蔽,不參與拼接,從而提高拼接的質(zhì)量。Cross_match及其相關(guān)文檔可從以下網(wǎng)站下載:http...[繼續(xù)閱讀]

    這也是一個基于Swat算法實現(xiàn)序列比較的軟件。Phrap是目前比較成功的拼接軟件,有較高的精確度,它通過尋找序列間的重疊(overlap)部分,將高質(zhì)量嵌合匹配的片段拼接成contig序列,最后生成完整的DNA序列。該程序能夠提供與拼接相關(guān)的其...[繼續(xù)閱讀]

    數(shù)據(jù)準(zhǔn)備在edit_dir目錄下有兩個文件:lesson.seq.screen是序列文件,共有23條序列;lesson.seq.screen.qual是序列質(zhì)量文件,共有23條序列的質(zhì)量。運行phrap在當(dāng)前目錄下輸入:phraplesson.seq.screen-view-new_ace>phrap.out運行結(jié)果新生成的結(jié)果文件lesson.se...[繼續(xù)閱讀]

    Consed是圖形化軟件,可用于進一步分析phrap拼接的結(jié)果,檢查phrap拼接中的錯誤,從而提高拼接結(jié)果的質(zhì)量。Consed中的autofinish也可用于引物設(shè)計。Consed程序的詳情介紹“CONSED12.0DOCUMENTATION”可從下面網(wǎng)站上獲取:http://www.phrap.org/consed/dist...[繼續(xù)閱讀]

    數(shù)據(jù)準(zhǔn)備Consed實習(xí)數(shù)據(jù)來自phrap的拼接結(jié)果。首先要在用戶目錄下建立3個目錄edit_dir、phd_dir、chromat_dir。其中edit_dir目錄包括phrap拼接產(chǎn)生的:lesson.seq.screen.contigslesson.seq.screen.contigs.quallesson.seq.screen.singletslesson.seq.screen.ace以及原來的序...[繼續(xù)閱讀]